Né en 1980, Jean-Philippe MERCKAERT débute ses études musicales à Mons en Belgique. En 1998, il entre dans la classe d’orgue de Jean-Philippe Fetzer au Conservatoire de Région de Nancy où il reçoit une médaille d’or. Admis au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, il y devient l’élève de Michel Bouvard et Olivier Latry et obtient un Premier Prix d’orgue et le Diplôme de Formation Supérieure en 2005. Il se perfectionne ensuite auprès de Jean Ferrard à Bruxelles.
Il est par ailleurs licencié en Écritures musicales classiques du Conservatoire royal de Mons, et lauréat de plusieurs concours d’orgue internationaux (seconds prix à Freiberg en 2007 et Bruges en 2009).
Actif dans le domaine de la création musicale contemporaine, il a enregistré et joué plusieurs œuvres en première audition dont récemment le Livre d’Orgue du chef d’orchestre et compositeur belge Pierre Bartholomée, et Toshi-kurezu de Jean-Pierre Deleuze.
Durant la saison 2003-2004, Jean-Philippe Merckaert est organiste en résidence au Concert Hall KITARA de Sapporo (Japon). Installé depuis 2007 à Tokyo, il se produit régulièrement en concert sur l’ensemble de l’archipel japonais, en soliste ou avec orchestre. Entre 2011 et 2014, il occupe le poste d’organiste en résidence au Concert Hall MUSE de Tokorozawa, et actuellement celui de la Philharmonie de Nasunogahara.