Après ses études au Conservatoire de Strasbourg, il mène une recherche personnelle sur l’interprétation de la musique d’orgue baroque allemande.
De 1976 à 1984, il effectue régulièrement des voyages en Allemagne de l’Est afin d’étudier les caractéristiques de la facture d’orgue ancienne et les mettre en relation avec l’interprétation de l’œuvre de Johann Sebastian Bach. Conforté dans ses intuitions, il commence alors une carrière discographique. En 1983, il enregistre live l’un des premiers compact discs consacrés à l’orgue intitulé Bach et son siècle. Puis de 1987 à 1989, l’intégrale de l’œuvre pour orgue de Diderik Buxtehude en six CD (sur six instruments historiques d’Allemagne du Nord). La presse musicale accueille ses enregistrements comme des interprétations de référence : les 15 CD enregistrés pour le catalogue Harmonic Records obtiennent 23 « Meilleur disque du mois » (Compact, Diapason, Le Monde de la musique, Répertoire, Télérama) et 2 « Meilleur disque de l’année » (Le Monde de la musique). En 2005, il enregistre l’intégrale des pièces d’orgue inédites de Michael Prætorius.
Jean-Charles Ablitzer mène également une carrière internationale de concertiste. En France, il est invité par des festivals réputés comme ceux de La Roque d’Antheron, Montpellier, Saint-Maximin, Masevaux, Toulouse les orgues, Avignon, Saint-Bertrand de Comminges. En janvier 2000, il donne à Nantes un récital pour la Folle Journée Bach, sur un orgue installé à cette occasion dans la grande salle du palais des congrès. Il participe également à des émissions radiodiffusées et télévisées.
En parallèle à cette activité, il travaille au sein de formations baroques en qualité de continuiste. En 1986, la Fondation Royaumont l’engage comme organiste de l’ensemble Il Seminario Musicale dirigé par Gérard Lesne, avec qui il aborde surtout le répertoire des 17e et 18e siècles. Il collabore régulièrement avec le baryton Josep Cabré et son ensemble vocal La Compagnie Musicale.
Jean-Charles Ablitzer a initié à Belfort la construction d’instruments aux esthétiques sonores affirmées : l’orgue de l’église Saint-Odile, construit dans le style italien par Gérald Guillemin en 1979, ainsi que l’orgue nordique du temple Saint-Jean, construit en 1984 par Marc Garnier. Dans le cadre de l’enseignement qu’il a dispensé au Conservatoire de Belfort de 1971 à 2007, ces instruments, complémentaires à l’orgue de la cathédrale Saint-Christophe, se sont révélés de précieux outils pédagogiques.
En 2005, il prend l’initiative de la réhabilitation de l’orgue mythique du château de Gröningen en Allemagne, instrument joué par Michael Prætorius pendant toute la durée de son poste de maître de chapelle au service du duc de Brunswick.
En 2000, Jean-Charles Ablitzer est nommé Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres par le Ministère de la Culture et de la Communication, et en novembre 2010, Chevalier de l’Ordre national du Mérite.