Né à Vienne en 1964, Thomas Schmögner étudie à la « Wiener Musikhochschule » depuis 1974 : le piano (avec Hilde Langer-Rühl), la composition (avec Friedrich Neumann), l’orgue avec Herbert Tachezi (organiste et claveciniste de l’Ensemble « Concentus Musicus », dirigé par Nikolaus Harnoncourt).
Il se perfectionne lors de master-classes avec Michaël Radulescu et Jean Langlais. En 1985, il est bénéficiaire d’une bourse du gouvernement français pour étudier durant 9 mois avec Daniel Roth au Conservatoire National de Strasbourg.
Depuis 1980, il est organiste du fameux instrument (datant de 1704) de l’Université de Vienne. Il est par ailleurs membre de plusieurs Ensembles autrichiens « Consortium Musicum Alte Universitât », « Musica Antiqua » (dirigé par Bernard Klebel) et le « Wiener Instrumentalsolisten ». Il est également secrétaire général de « l’Austrian Organ-forum ».
Lauréat de compétitions internationales telles que Graz et Nijmegen (Hollande), il remporte un Prix d’encouragement pour une de ses compositions lors du Concours d’orgue baroque autrichien.
Il réalise par ailleurs des enregistrements de disques et de concerts radiodiffusés et poursuit une carrière de concertiste en Autriche, Allemagne, Suisse, Hollande, Danemark, Suède.