Gunther Kaunzinger, professeur à la Musikhochschule de Würzburg depuis 1974, était « artist in residence » à la ‘National Shrine’ et directeur du département d’orgue à la Catholic University of America, à Washington, D.C. de 1970 à 1978. Il apprit son métier surtout auprès de maîtres français de l’orgue : Marie-Claire Alain, Maurice Duruflé, et Jean Guillou (pour qui l’art de l’improvisation était un composant tout à fait naturel de son enseignement). Auparavant, Gunther Kaunzinger avait acquis une formation musicale solide en Allemagne (qui comprit également le piano, la composition et la direction).
Sa carrière internationale d’interprète prit son essor après que Kaunzinger eût remporté des prix à six concours internationaux d’orgue. Ses nombreux enregistrements lui valurent aussi plusieurs prix, dont ceux de la ‘Deutsche Schallplattenkritk’ en 1980, 1982 et 1988. En 1988, la ville de Sulzbach-Rosenberg lui décerna son Prix Culturel.
Kaunzinger fonda en 1978 les Meisterkurse pour l’interprétation de l’orgue de Würzburg. Ces cours trouvèrent leur foyer permanent dans sa villa « Capriccio » à Helmstadt, près de Würzburg, en 1983, l’année dans laquelle il inaugura une série de concerts appelée « Concerts à Capriccio ».
Plusieurs instruments en Allemagne et d’autres pays ont été construits selon ses plans qui demandent la construction d’orgue moderne et individuelle. En reconnaissance de son mérite pour l’orgue de la Stiftsbasilika Waldsassen il a été nommé organiste honoraire en 1989. En 1990 il a publié la première édition originelle complète des œuvres pour l’orgue de César Franck (Schott/Wiener U.E.) qui a beaucoup intéressé la critique.